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1906年，大清国的政改，决定先从中央机构改革开始。
机构改革的主导者，就是出洋考察的戴鸿慈与端方。对于中央官制存在的问题，他们建议应该推行“责任内阁之制以求中央行政之统一”。至于中央各部主任官与辅佐官之间的权责不清，“定为一大臣，一次官，大臣负阁臣之责成，次官综一部之庶务。其次则如商、学、警三部成例，设一尚书、两侍郎，不置管部，以尚书为主任官，而侍郎为之辅佐，受其指挥。更设压参各官，划定职权。”
戴鸿慈和端方同时建议，在内阁之外，增设“会计检查院”（审计）、“行政裁判院”（受理行政诉讼）、“集议院”（议会的雏形）、“都裁判厅”（最高法院）等独立机构。他们甚至还考虑到了原有之大学士及各部裁缺之大员的去处，可组建“枢密院”，作为中央顾问委员会，安置老干部们，以换取他们对改革的支持。
根据这一设想，中央机构将由原先的六部及刚刚设立的巡警部，重新组合，建立九个部：一、新设立的巡警部改为“内政部”，将原来由户部主管的户口、工部主管的工程，合并在内；二、将户部改为“财政部”，执掌国税、关税、货币、国债、银行以及田赋；三、成立于1901年的“外务部”，因“法制略具”而不予更动；四、将兵部改为“军部”，并将“练兵处”归并入内，统筹全国军政；五、将刑部改为“法部”，“各省执法司、各级裁判所及监狱之监督皆为本部分支”，这等于是将司法系统垂直领导；六、“学务部”也因“法制略备”，继续保留不改；七、设立“商部”，主管农工商，此三者“为富国之本源，各国皆设立专部，中国农工诸学尚未讲求，将农工诸事暂归已设之商部管辖，日后再议增设”；八、设立“交通部”，将轮船、铁路、电报、邮政等事务都纳入其间；九、参考西方做法，改理藩院为“殖务部”，“凡东三省、蒙古、青海、新疆、西藏开拓之政策，皆于是统焉”。而在该部下，专设“海外殖民局”，保护海外华侨。
戴鸿慈与端方的方案，把实行内阁制、裁撤军机处作为重点，得到了高层的广泛关注和认可。军机处的设立，本是一种超常规的做法，这个“三无”机构（无编制、无定员、无预算），名义上仅仅是皇帝的临时秘书机构，实际上却褫夺了内阁的权力，造成了中国特色的机构名实不符现象。
在戴鸿慈和端方的方案中，提出裁撤军机处，归并到内阁中，设立总理大臣一人，兼充大学士，为其首长，“以平章内外政事，任国政；置左右副大臣各一人，兼充协办大学士，为其辅佐，以协同平章政事，共任国政，各部尚书皆列于阁臣，原有之大学士仍带各殿阁之名衔，简为枢密院顾问大臣，以示优崇之意。”
这一思路，落实成正式方案就是：一方面加强内阁的行政集权，另一方面分割了数千年来一权独大的行政权，将其中的司法权剥离，并将在今后进一步剥离立法权。同时，将“军机大臣”都改为“办理政务大臣”，各部尚书均为“参预政务大臣”。显然，这是废除军机处的前奏。
1906年11月7日，中央正式公布了《内阁官制及办事章程》，基本认可了这一方案。然而吊诡的是，中央虽然认可了责任内阁制，却并未同意取消军机处，对此，时人和后人多作为晚清假立宪的证据。
