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院士制度本身也应该“深化改革”，逐渐祛魅，剥离附着于其上的非学术因素，矫正地方、团体只重院士不重学术的“科学GDP”导向。
6月11日，中国工程院表决通过了《中国工程院章程》修订案，新章程明确了院士候选人的两种提名渠道。新章程也修订了退出机制。而在12日审议的《中国科学院院士章程》中，也在院士提名、票选、退出等机制上做出了类似的修改。
收窄提名渠道，将此前众议纷纷的高校、企业剔出提名主体，无疑是对民意的积极回应，也昭示出院士制度“去利益化”的某种努力；而明确表示“当院士的个人行为违反科学道德或品行不端，严重影响院士群体和工程院声誉时，应劝其放弃院士称号”，则可视为“清理门户”或将成为常态。不过，这一“进”一“出”只是一个开头。
其一，在院士依然附带着巨大利益的背景下，无论是院士直接提名，还是委托有关学术团体提名，恐很难摆脱以往的非学术干扰，成为个人或地方竞相追逐的猎物。很简单，一旦“游说”的目标更具体、更确定，则其受到渗透与影响的可能性亦大大强化。仅仅指望这些院士个人与学术团体来与整个社会的压力抗衡，似乎过于理想化了。
论者多看到张曙光肯花费2300多万元贿款用于院士评选，却忽略了其背后铁道部门动用公权力资源的襄助，比如，组织系统内专家为其编撰“专著”等。如何真正祛除行政权力对学术评价的强力干预，仍应该是下一步院士改革的突破方向。
其二，到目前为止，院士遴选机制、退出机制仍严重缺失外部监督。而一项高度封闭的运行制度，仅凭内部的审核、督察力量，很难有动力、有能力真正纠偏。特别是，当院士这一称号成为某种荣誉、利益的凝聚之时，往往会产生整体性自我维护、强烈排异的不良倾向。任凭外界指责声声，权当听不到、看不见，这样的事情并不鲜见。
倒不是说院士的进出需要全民公决，事实上也不需要，只是藉此强调，“要突出学术导向，减少不必要的干预”。比如，除了内部的规范和约束之外，是不是可以引入外部监督机制？其动议、评判、申诉、辩驳、审议等等过程完全向社会公开，以公开推进公平公正。又如，对于民意的质疑，似乎也该及时、明确回应，而不是动辄沉默。
说到底，困扰时下院士改革的关键，仍在于无所不在的行政干预。在遴选机制、学科布局、年龄结构、兼职和待遇、退休退出制度等方面，随处可以看到行政化的魅影，其他诸如公众对“官员院士”的诟病，也是如此。若想真正改变这种状况，此番章程修订只能算是一次破题，接下来的任务会更加艰巨，需要“壮士断腕”的勇气。
具体而言，一方面，有必要明确界定院士的身份边界，比如，能否与官员身份“兼容”？如何“兼容”？应该设定相关的细则；另一方面，从长远看，院士制度本身也应该“深化改革”，逐渐祛魅，剥离附着于其上的非学术因素，矫正地方、团体只重院士不重学术的“科学GDP”导向，让院士制度真正成为一种学术的聚合、学术的评价。
