2000年,陶慧进和几名清华同学一起,买下了一方小天地开书店。最初在清华十食堂附近,叫做“十号书店”,后来搬了两次,改为“梅林书店”,直到2006年,搬到了现在的观畴园二层,“独峰书院”的名字才叫到了今天。
2006年,陶慧进买下书店旁店铺,开设了清华第一家咖啡屋。那时候,咖啡还是个稀罕物,一杯十几元的价格相当于一天的餐费。当时的同学们,都是探着身子往里看,脚都不敢伸进来。就这样跌跌撞撞,直到2012年,咖啡店才开始盈利。
2017年,陶慧进将书店与大受欢迎的咖啡屋合并,排排书架间可见参差错落的座位。现在的独峰书院,更像是一个休闲、放松的交流空间。